Postdoktorsstipendium (2 år) inom storskalig beräkningsbiologi vid Institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet

Institutionen för medicinsk biovetenskap erbjuder ett postdoktorsstipendium inom projektet ”Utveckling av beräkningsverktyg för storskaliga modeller av mänsklig intracellulär signalering”. Stipendiet är på heltid under 2 år, med tillträde i maj 2026 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2026-02-15.

Institutionsspecifik information 
Forskningen kommer att bedrivas i Cemal Erdems laboratorium vid Institutionen för medicinsk biovetenskap, som erbjuder en internationell, samarbetsinriktad och öppensinnad forskningsmiljö. Besök gärna labbets webbplats för mer information: https://erdemlab.github.io.

Erdem-gruppen är en del av SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS), som syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsvetare samt att skapa globalt ledande kapacitet inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor över 12 år av Knut och Alice Wallenbergstiftelsen (KAW). DDLS använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. Den aktuella befattningen kommer att vara en del av detta forskningsekosystem.

Projektbeskrivning 
En viktig sak som saknas i dagens cancerforskning är förmågan att förutsäga hur en specifik cancercell kommer att reagera på en störning (t.ex. läkemedelshämning eller gen-nedslagning). Att bygga beräkningsmodeller av komplexa, storskaliga och ofullständigt förstådda system är dock extremt utmanande. För att hantera detta problem har vi nyligen utvecklat SPARCED-pipelinen som omvandlar strukturerade listor över arter, parametrar och reaktionstyper till en SBML-fil (Systems Biology Markup Language), och vi har skapat en modell baserad på en av de största pan-cancer-signalmodellerna i litteraturen.

SPARCED är kompatibel med högpresterande och molnbaserad beräkning, kan simulera tusentals till miljontals enskilda cellbanor, är lätt att utöka med nya signalvägar och kan tränas om med nya omics-data för nya cellulära kontexter. I detta projekt kommer vi att vidareutveckla SPARCED-pipelinen för:
(i) ännu större modellkonstruktion,
(ii) träning av personliga beräkningsmodeller i nya kontexter, och
(iii) studier av kliniska interventionsstrategier in silico.

Som postdoktoral stipendiat kommer du att få möjlighet att:
• Lära dig om beräkningsmodelleringspipeliner för mänskliga intracellulära signalvägar
• Vidareutveckla vår SPARCED-pipeline
• Konstruera mekanistiska modeller för att studera in silico-respons på läkemedelskombinationer i cancerceller

I vårt labb är vi engagerade i att främja en samarbetsinriktad och inkluderande miljö som uppmuntrar reproducerbara och rigorösa forskningsmetoder. Som postdoktoral stipendiat i vårt team kommer du att dra nytta av en trygg och respektfull forskningsmiljö, få dedikerad handledning och ha friheten att driva innovativa idéer. Detta stipendium är idealiskt för forskare som är angelägna om att utveckla och använda beräkningsverktyg för att studera cellulära svar in silico och som vill växa i en stödjande miljö.

Kvalifikationer
För att kvalificera dig som postdoktoral stipendiat krävs att du har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta krav måste vara uppfyllt senast vid beslut om stipendiat.

Prioritet ges till kandidater som avlagt doktorsexamen, enligt ovan, för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan kandidater som avlagt doktorsexamen tidigare också vara behöriga. Särskilda skäl inkluderar frånvaro på grund av sjukdom, föräldraledighet, fackliga uppdrag, militärtjänst eller liknande omständigheter, samt klinisk praktik eller andra uppdrag relevanta för ämnesområdet.

Doktorsexamen bör vara inom beräknings-/systembiologi, datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, molekylärbiologi/-medicin eller ett närliggande område.

Ytterligare krav
• Stark meritlista inom relevant forskningsområde, dokumenterad genom förstaförfattarskap i peer-reviewade originalpublikationer
• Omfattande färdigheter i dataanalys och bioinformatik
• Goda kunskaper i programmering med Python
• Goda kunskaper i versionshantering (Git, GitHub)

Meriterande kriterier:
• Erfarenhet av mekanistisk och ODE-baserad beräkningsmodellering
• Erfarenhet av SBML-filhantering
• Erfarenhet av Docker eller andra containerbaserade plattformar
• Grundläggande förståelse för våtlabbarbete och cellodling

Vi söker kandidater med ett starkt intresse för storskalig beräkningsmodellering och cancerforskning. Kandidater bör vara lagspelare, engagerade i vetenskapliga diskussioner och idéutbyte.

Ansökan  
Ansökan ska innehålla:
• En kort beskrivning av dina forskningsintressen och en motivering till varför du är intresserad av tjänsten (max två A4-sidor)
• CV (max sex A4-sidor)
• Publikationslista (max två A4-sidor)
• Examensbevis från doktorandstudier och andra relevanta examina
• Kontaktuppgifter till två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer med landskod)

Ansökan ska skrivas på engelska eller svenska, och bifogade dokument ska vara i Word- eller PDF-format. Ansökan registreras via Umeå universitets e-rekryteringssystem Varbi och skickas in senast 2026-02-15.

Mer information
För mer information om projektet, kontakta Cemal Erdem på cemal.erdem@umu.se.

Välkommen med din ansökan!