Tre multidisciplinära postdoktorala stipendier (2 år)

Integrated Science Lab (IceLab) (icelab.se) tillsammans med flera institutioner vid Umeå universitet och SLU erbjuder tre postdoktorsstipendier som kommer att kopplas till ett av sex möjliga multidisciplinära projekt. 

De ideala postdoktorerna har expertis inom något av följande områden: beräkningsmodellering, beräkningsbiologi, beräkningsfysik, tillämpad matematik, maskininlärning, bioinformatik, biofysik, spektroskopi, bildbehandling, ekologisk modellering, molekylärbiologi, växtfysiologi, marinbiologi eller ett intresse av att få erfarenhet inom dessa områden, och ett djupt intresse av vetenskapligt samarbete mellan forskare som använder teoretiska och empiriska metoder.

De sex projekten är: 

A.  Modellering av RNA-metabolism med tillämpningar inom nervcellsutveckling

B.  Biofysisk respons hos revbildande marina alger på miljöstress

C.  Finansiell riskhantering och beslutsfattande för att bevara biologisk mångfald

D.  Hur växtcellers form och vävnadens struktur hjälper celler att hålla ihop

E.  DETERMINER - Bestämning av lämplig övervakningsfrekvens för fytoplankton

F.  Prediktion av bakteriellt proteinuttryck under infektion med hjälp av maskininlärning

Detaljerad information om varje projekt ges nedan.

IceLabs multidisciplinära postdoktorsprogram

Den underutforskade terrängen mellan traditionella discipliner är fylld av fascinerande och betydelsefulla forskningsfrågor. I IceLab arbetar vi för att främja och underlätta transdisciplinära samarbeten med fokus på banbrytande forskning som integrerar teoretiska, beräkningsvetenskapliga och empiriska metoder.

Vi kommer att välkomna dig till IceLab med genuint stöd av kreativa forskare som arbetar med en mängd tvärvetenskapliga problem. Du kommer att delta i både professionellt och personligt givande och underhållande aktiviteter som syftar till att utbilda en ny typ av forskare. Ett multidisciplinärt team av forskare med kompletterande expertis kommer att handleda varje postdoktor.

De tvååriga postdoktorsstipendierna är finansierade av Kempestiftelserna och är en del av IceLab Multidisciplinary Postdoctoral Program. Stipendiet uppgår till 708 000 kr under två år och är skattefritt.

Sista ansökningsdag är den 18 september 2025. Tillträde från januari till april 2026 (eller enligt överenskommelse).

Formella kvalifikationer

Specifika kvalifikationer beskrivs separat för varje projekt nedan. 

För att vara behörig för ett postdoktoralt stipendium krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då beslut om stipendiatmottagare fattas. För att vara aktuell som postdoktorsstipendiat bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag. Doktorsexamen ska vara inom något av de områden som anges för varje projekt. 

Den ideala kandidaten har goda färdigheter inom något av följande områden: beräkningsmodellering, beräkningsbiologi, beräkningsfysik, tillämpad matematik, maskininlärning, bioinformatik, biofysik, spektroskopi, bildbehandling, ekologisk modellering, molekylärbiologi, växtfysiologi, marinbiologi eller ett intresse av att få erfarenhet inom dessa områden. Personliga egenskaper som samarbetsförmåga, kommunikation, kritiskt tänkande, kreativitet och analytiska färdigheter är väsentliga. Du ska kunna utforska vetenskapliga problem oberoende och som en del av ett team. Goda kunskaper i muntlig och skriftlig engelska krävs.

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla:

1. Ett följebrev som sammanfattar dina kvalifikationer, dina vetenskapliga intressen, vilket eller vilka projekt du är särskilt intresserad av och dina motiv för att ansöka (max 2 sidor),
2. Meritförteckning (CV) med publiceringslista,
3. Kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation som tydliggör när doktorsexamen förväntas erhållas
4. Styrkta kopior av andra examensbevis, akademiska kursintyg eller betyg,
5. Kopia av doktorsavhandling,
6. Kopior av relevanta publikationer,
7. Kontaktinformation till minst två referenspersoner,
8. Andra handlingar som den sökande vill åberopa.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska och bifogade dokument ska vara i Word eller pdf-format. Ansökan ska registreras via Umeå universitets e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 18 september 2025. Vi ser fram emot att få din ansökan.

Projektbeskrivningar, specifika kvalifikationer och kontaktuppgifter

(A) Modellering av RNA-metabolism med tillämpningar inom nervcellsutveckling

Cellens identitet bestäms till stor del av dess RNA. RNA är kortlivade molekyler som snabbt bryts ned efter att de ”translaterats” till proteiner. Men hur bestämmer celler vilka RNA som ska fortsätta translaterats och vilka som ska tas bort? Forskning tyder på att detta beror på ett komplext och ännu inte helt förstått samspel mellan kemiska grupper som fästs vid RNA:t och proteinkomplex som sätter dit, tar bort och tolkar dessa grupper. Detta projekt undersöker ett specifikt kemisk grupp på messenger-RNA (mRNA) som heter N6-metyladenosin (m6A). m6A  är viktigt, till exempel vid nervcellsdifferentiering och stressrespons. Genom att använda en modell från sjukdomspridning kommer du att utveckla en ny matematisk modell baserat på riktiga molekylära mekanismer mellan mRNA och proteinkomplex. Genom att kombinera denna modell med experimentellt data kommer vi att kunna bättre förstå hur RNA-bindande proteiner ”läser” m6A för att avgöra mRNA:ts öde. Det här spännande projektet förenar molekylärbiologi och matematisk modellering och bidrar till viktiga insikter om cellutveckling och sjukdomar.

Som postdoktor kommer du att ha möjlighet att:

• Utforska hur ”reader”-proteiner avgör RNA:s öde.
• Använda matematiska modeller från epidemiologi för att förstå RNA-metabolism.
• Utföra stokastiska simuleringar för att analysera modellens beteenden.
• Använda experimentella data om RNA-uttryck och RNA-proteinbindning för att anpassa modellparametrar.
• Förutsäga effekter av molekylära störningar.

Som postdoktor kommer du att ha möjlighet att tillhöra två forskargrupper. Den ena gruppen är en del av Institutionen för molekylärbiologi och fokuserar på epigenetisk och RNA-baserad genreglering (Aguilo Lab). Den andra gruppen, tillhörande Institutionen för fysik, utvecklar matematiska modeller för att förstå dynamiken i olika levande system, såsom genreglering (Lizana Lab). I detta projekt söker vi en ung forskare med intresse för småskaliga levande system som vill lära sig att bygga kvantitativa modeller baserade på molekylära mekanismer. Detta postdoktorala stipendium är en bra utgångspunkt för någon som i framtiden vill etablera ett tvärvetenskapligt forskningslaboratorium som integrerar teori och experimentell forskning.

Specifika kvalifikationer för projekt A

För att vara behörig ska du ha en doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms likvärdig, inom fysik, matematik eller molekylärbiologi. Ännu viktigare är erfarenhet av matematisk modellering eller datorsimuleringar, helst av biologiska system. Vi välkomnar sökande med bakgrund från olika discipliner, såsom fysik, datavetenskap, tillämpad matematik, beräkningsbiologi och bioinformatik. Utöver erfarenhet av modellering och programmering bör du ha ett starkt intresse för tvärvetenskaplig forskning. Det innebär bearbetning av empiriskt data och samarbete med experimentella forskare inom molekylärbiologi. Du måste även vara mycket motiverad och kunna arbeta både självständigt och i samarbete med en forskargrupp. Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Kontaktinformation för Projekt A

Ludvig Lizana, Universitetslektor vid Institutionen för fysik, Umeå universitet (ludvig.lizana@umu.se)

Francesca Aguilo, Universitetslektor vid Institutionen för molekylärbiologi, Umeå universitet (francesca.aguilo@umu.se)

(B) Biofysisk respons hos revbildande marina alger på miljöstress

Marin fotosyntes stöder nästan allt havsliv, särskilt i kustzonen. Tyvärr orsakar klimatförändringar och mänsklig aktivitet betydande miljöförändringar i havet, vilket hotar havets hälsa. Marina värmeböljor och kustförmörkning är två viktiga stressfaktorer som har fått uppmärksamhet på senare tid, men deras kombinerade effekter är fortfarande dåligt förstådda. I detta projekt kommer postdoktorn att kvantifiera den biofysiska stressresponsen hos röda korallalger på värmeböljor och förmörkning. Dessa morfologiskt komplexa sjögräs skapar algrev med hög biologisk mångfald runt om i världen, men riskerar att utrotas på grund av förändringar i havets miljö.

I detta projekt kommer postdoktorn att ha möjlighet att undersöka korallalgers reaktioner på dessa stressfaktorer med hjälp av en unik metod som kombinerar ultrasnabb spektroskopi, encellsspektroskopi, flerfärgsfluorescens och numerisk modellering. Denna tvärvetenskapliga metod kommer avsevärt att förbättra vår förståelse av korallalgers motståndskraft mot förväntade miljöförändringar, med oöverträffad insikt i responsmekanismerna och variationen inom enskilda organismer. Stöd och utbildning kommer att ges vid behov, beroende på kandidatens inkommande expertis.

Postdoktorn kommer att vara inrymd i IceLab och vara värd för institutionen för ekologi och miljövetenskap, institutionen för fysik och Umeå marina vetenskapscentrum, under handledning av ett tvärvetenskapligt team med kompletterande expertis inom algekologi och biogeokemi, ultrasnabb spektroskopi samt optik och biofysik.

Specifika kvalifikationer för Projekt B

För att vara behörig ska du ha en doktorsexamen, eller en utländsk examen som anses likvärdig, inom växt-/algfysiologi eller experimentell biofysik. Den ideala kandidaten har kunskaper inom (foto)fysiologi och biologisk experimentering, med meriterande erfarenhet av optiska spektroskopier (inklusive frekvens- och tidsdomänabsorption, fluorescens- och/eller Ramanspektroskopier), och/eller avbildnings- eller atomkraftsmikroskopi. Viktigt är att kandidaten kommer att vara intresserad av att bedriva forskning som tar itu med klimatförändringar och hållbara utvecklingsutmaningar i skärningspunkten mellan biologi och fysik.

Kontaktinformation för Projekt B

Heidi Burdett, Institutionen för ekologi och miljövetenskap (heidi.burdett@umu.se) 

Nicolò Maccaferri, Institutionen för fysik (nicolo.maccaferri@umu.se) 

Magnus Andersson, IceLab och Institutionen för fysik (magnus.andersson@umu.se) 

(C) Finansiell riskhantering och beslutsfattande för att bevara biologisk mångfald

Detta projekt undersöker hur finansiella beslutsverktyg, som ursprungligen utvecklats för att hantera investeringsrisker på marknader, kan tillämpas för att lösa verkliga utmaningar inom biologisk mångfald och bevarandepolitik.

Den postdoktorala forskaren kommer att ha möjlighet att fördjupa sig i frågor i gränslandet mellan ekologi, ekonomi och finans. Till exempel:

• Hur påverkar riskaversion och möjligheten till biologisk hedging utformningen av bevarandestrategier?
• Kan finansiella verktyg som biologisk mångfald-obligationer eller artindexerade terminer främja bättre ekologiska resultat?
• Hur bör vi ta hänsyn till osäkerhet vid värdering av naturtillgångar?

Denna tvärvetenskapliga forskning bygger på realoptionsteori och moderna beräkningsmetoder för att bedöma dynamiska, oåterkalleliga beslut under osäkerhet. Genom att kombinera verktyg från stokastisk kontroll, numerisk simulering och maskininlärning med ekologiska och ekonomiska modeller erbjuder projektet ett unikt perspektiv på biologisk mångfald som en finansiell tillgång.

Som postdoktor kommer du att ha möjlighet att:

• Undersöka hur risk, osäkerhet och oåterkallelighet påverkar bevarandestrategier
• Bygga och analysera avancerade matematiska modeller som inkluderar ekologiska, ekonomiska och finansiella dynamiker
• Tillämpa maskininlärning och Monte Carlo-tekniker för att simulera komplexa beslutsförlopp
• Bidra till ett växande, tvärvetenskapligt forskningsfält som omdefinierar biologisk mångfald ur ett finansiellt perspektiv

Detta projekt är ett samarbete mellan forskare inom finansiell matematik, resurseekonomi och ekologi. Det passar utmärkt för forskare som är intresserade av att använda kvantitativa verktyg för att hantera miljöutmaningar.

Specifika kvalifikationer för Projekt C                      

För att vara behörig ska du ha en doktorsexamen (eller en utländsk examen som bedöms likvärdig) inom ett relevant område såsom matematik, ekonomi, finans, ekologi, biologi eller fysik. Den ideala kandidaten har en stark bakgrund inom matematisk modellering och beräkningstekniker, samt ett intresse för tvärvetenskapliga tillämpningar inom miljösystem och beslutsfattande under osäkerhet.

Kontaktinformation för Projekt C

Christian Ewald, Institutionen för matematik och matematisk statistik, Umeå universitet (christian.ewald@umu.se)

Tommy Lundgren, Institutionen för skogsekonomi, Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Umeå (tommy.lundgren@umu.se)

Micael Jonsson, Institutionen för ekologi och miljövetenskap, Umeå universitet (micael.jonsson@umu.se)

Kevin Kamm, Institutionen för matematik och matematisk statistik, Umeå universitet (kevin.kamm@umu.se)

(D) Hur växtcellers form och vävnadens struktur hjälper celler att hålla ihop

Hur fäster celler egentligen vid varandra? Flercelliga organismer upprätthåller sin struktur tack vare cell-cell-vidhäftning, som i grunden medieras av adhesiva bindningar mellan celler. I detta projekt föreslår vi att undersöka hur cellform och vävnadens topologi – som inneboende egenskaper – kan bidra till att minimera stress och motverka sprickbildning vid cellgränser, vilket i sin tur stärker adhesion och vävnadsintegritet. Den kunskap som genereras förväntas ge bredare insikter i hur heterogena mönster och former bidrar till materials hållfasthet.

Som postdoktor kommer du ha möjlighet att:

• Studera principerna för celladhesion hos växter och vävnadsbiomekanik.
• Använda verktyg och programvara för mikroskopibildbehandling.
• Använda, förfina och utveckla ramverk för finita element-simuleringar.
• Vid intresse, utveckla experimentella laboratoriefärdigheter såsom växtodling, provberedning och 3D-konfokalmikroskopi.

Stipendiaten kommer att vara placerad vid IceLab och ha sin hemvist vid Institutionen för fysiologisk botanik. Handledningen sker i ett tvärvetenskapligt team med kompletterande expertis inom cell-cell-vidhäftning och fotoniktekniker för att studera biologiska processer.

Specifika kvalifikationer för Projekt D

För att vara behörig ska du ha en doktorsexamen, eller en utländsk examen som anses likvärdig, inom datavetenskap eller biologi. Den ideala kandidaten har antingen en doktorsexamen i datavetenskap (eller närliggande område) med tillämpningar inom biologi, eller en doktorsexamen i biologi med en gedigen komponent av datavetenskap.

Kontaktinformation för Projekt D

Stéphane Verger, Institutionen för fysiologisk botanik, Umeå universitet (stephane.verger@umu.se)

Magnus Andersson, Institutionen för fysik, Umeå universitet (magnus.andersson@umu.se)

(E) DETERMINER - Bestämning av lämplig övervakningsfrekvens för fytoplankton

Gå med i DETERMINER-projektet och tillämpa dina matematiska och statistiska färdigheter för att utforska en avgörande fråga som påverkar bedömning i akvatiska system: övervakningsfrekvens för fytoplankton.

Växtplankton utgör grunden i akvatiska ekosystem, och deras betydelse är så stor att europeiska direktiv reglerar deras miljöstatus. Fytoplankton kan genomgå kortsiktiga förändringar (på timskala), medan de flesta övervakningsprogram för närvarande har varannan vecka eller lägre upplösning. Detta skapar en obalans mellan hur snabbt fytoplankton förändras och vår förmåga att upptäcka dessa förändringar i tid. Hur mycket information som går förlorad på grund av denna låga samplingsfrekvens är fortfarande okänt. DETERMINER syftar till att bestämma den optimala provtagningsfrekvensen för att upptäcka externt drivna fytoplanktoniska förändringar samtidigt som det tillhandahåller autonoma lösningar för att optimera kostnaden för övervakningsprogram. 

Vi söker en postdoktoral forskare som kan ansluta sig till detta [LL1] projekt, som kombinerar verktyg från statistisk inlärning, analys av glesa data och tidsfrekvensanalys för att bättre förstå hur samplingsfrekvensen påverkar vad vi kan upptäcka i data. Genom att använda högupplösta europeiska och baltiska dataset kommer projektet att ta itu med två huvudmål:

1. Detektera optimal samplingsfrekvens baserat på högfrekventa övervakningsprogram
2. Kvalificera detekterbarheten av extrema händelser: marina värmeböljor och fytoplanktonblomningar i relation till provtagningsfrekvens.

Denna postdoktor kommer att vara placerad vid IceLab och kopplas till både UMF och MMS, med administrativ hemvist vid MMS. Du kommer att arbeta i ett stödjande, tvärvetenskapligt team med expertis inom övervakning, modellering och statistiska verktyg. Du kommer också att få möjlighet att delta i kustnära övervakningskampanjer och fältarbete i Bottniska viken för att bättre förstå hur övervakningsprogram fungerar.

Specifika kvalifikationer för Projekt E

För att kvalificera sig för stipendiet ska kandidaten ha en doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara inom något av följande områden: Fytoplanktonekologi, marinbiologi, matematisk statistik, signalanalys, dynamiska system eller ett jämförbart område. Den ideala kandidaten har starka färdigheter i att bygga och implementera statistiska modeller. Den sökande ska ha dokumenterad kunskap om statistisk inlärning med gleshet och tidsfrekvensanalys. Dokumenterad erfarenhet av marinbiologi och växtplanktonekologi är starkt meriterande. Den sökande ska dessutom ha utmärkta färdigheter i moderna datorprogrammeringsspråk som C++, Python, MATLAB eller R. 

Vi letar efter kandidater som trivs med att samarbeta i tvärvetenskapliga team och är bra på att kommunicera vetenskap på engelska till forskare med olika bakgrund – experimentatorer, ingenjörer och teoretiker. Kandidaten bör ha en gedigen drivkraft att driva sitt projekt framåt självständigt och kunna tänka kritiskt.

Kontaktinformation för Projekt E

Léon Serre-Fredj, Umeå marina forskningscentrum (leon.serre-fredj@umu.se)

Jun Yu, Institutionen för matematik och matematisk statistik (jun.yu@umu.se)

(F) Prediktion av bakteriellt proteinuttryck under infektion med hjälp av maskininlärning

Hur kan vi förutsäga vilka proteiner bakterier producerar under infektion för att förstå hur de överlever och motstår antibiotika?

När bakterier infekterar oss utsätts de för kraftig stress. För att anpassa sig och överleva producerar de proteiner som hjälper dem att hantera ogästvänliga förhållanden, undvika immunförsvaret och stå emot antibiotika. Att identifiera dessa proteiner är avgörande för att förstå infektioner. Men i kroppens vävnader dominerar våra egna proteiner och dagens experimentella metoder räcker inte till. Det här projektet erbjuder en möjlighet att möta dessa utmaningar med kraftfulla beräkningsmetoder. Genom att kombinera unika transkriptom- och proteomdata med nya angreppssätt inom maskininlärning och systembiologi kan vi skapa modeller som avslöjar bakteriers dolda strategier under infektion.

Som postdoktor kommer du att ha möjlighet att:

• Undersöka hur bakteriellt genuttryck översätts till proteinproduktion under infektion-relaterad stress
• Utveckla och tillämpa maskininlärningsmetoder för att förutsäga proteinnivåer utifrån transkriptomdata
• Identifiera reglermekanismer som förklarar skillnader mellan mRNA- och proteinnivåer
• Bygga nya beräkningsmodeller som avslöjar bakteriers överlevnadsstrategier under infektion

Projektet drar nytta av PATHOgenex RNA- och Proteinatlaserna, framtagna av Avican-labbet, tillsammans med omfattande omfattande kliniska och experimentella dataset. Du blir en del av en tvärvetenskaplig och samarbetsinriktad forskningsmiljö med nära samarbete forskargrupper som är specialiserade på mikrobiologi (Avican Lab), maskininlärning (Erdem Lab) och nätverksvetenskap (Rosvall Lab), med möjlighet att fördjupa dig i integrativ omik, datadriven livsvetenskap och translationell infektionsforskning. Detta är ett postdoktoralt stipendium för dig som vill använda kraftfulla beräkningsverktyg för att avslöja mikrobiella överlevnadsmekanismer och som vill utvecklas i en stödjande, tvärvetenskaplig forskningsmiljö.

Specifika kvalifikationer för Projekt F

För att vara behörig ska du ha en doktorsexamen i något av följande ämnen: beräkningsbiologi, systembiologi, mikrobiologi, bioinformatik eller närliggande områden. Erfarenhet av analys av omikdata och maskininlärning samt ett intresse för infektionsbiologi är meriterande.

Kontaktinformation för Projekt F

Kemal Avican, Institutionen för molekylärbiologi, Umeå universitet (kemal.avican@umu.se)

Cemal Erdem, Institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet (cemal.erdem@umu.se)

Martin Rosvall, Institutionen för fysik, Umeå universitet (martin.rosvall@umu.se)